В основном все озёра образовались в результате деятельности Дона. Кто то про это уже упоминал в книгах, точно не помню, но или Песков или Семаго. Раньше как и сейчас были глобальные потепления и похолодания, цикл идёт периодичностью примерно в 70 лет. Даже относительно недавно, в прошлом веке, было резкое потепление и Дон высыхал так что по дну ездили на телегах. Потом засуху сменили дожди, дальше снегопады, похолодание и произошёл небывалый паводок. Дон местами пробил новое русло, а старое превратилось в протоки и озёра. Вот Подгоренское и Подклетненское озёра как раз так и произошли. Но когда именно это было, как то неизвестно.  Относительно Малышевских озёр сказать что либо трудно, они скорее всего образовались очень давно.  Озеро Рылеево скорей всего так назвали в честь декабриста К. Ф. Рылеева. Хотя он и не был нашим земляком, но годы его молодости были тесно связаны с Воронежской губернией. Первый раз К. Ф. Рылеев приехал сюда в 1817 г., получив назначение квартирмейстера в Острогожский уезд. В Острогожске он вскоре познакомился с дочерью острогожского помещика Натальей Тевяшовой и женился на ней. Последующие несколько лет  Рылеев жил в Воронежском крае, не раз приезжал в Воронеж. К 1824 г. относится последний приезд К. Ф. Рылеева в Воронежскую губернию. Рылеев-декабрист обсуждал тогда со своими соратниками вопрос о ликвидации крепостного права в России. Рылеев-поэт готовил к изданию книгу "Дум", посвятив ее патриотическому воспитанию русского народа. Он писал в эти дни: " Цель моя та же самая - то есть распространить между простым народом нашим, посредством дум сих, хотя некоторые познания о знаменитых деяниях предков, заставить его гордиться славным своим происхождением и еще более любить родину свою". Одной из лучших стала дума "Петр Великий в Острогожске", посвященная истории Воронежского края. Как раз он длительное время проживал в Малышево. Потом  озеро у церкви называется - Подпольное. Скорее всего название связано с подпольщиками и опять же с К. Ф. Рылеевым. Хотя вполне возможно что это и совпадение...